Супербоец Клауд Страйф уединяется в сиротском приюте после победы над Сефиротом: он отдаляется от людей, чувствуя себя виноватым в смерти своих друзей ранее. Мир начинает поражать неизлечимая болезнь Геостигма, а люди, заболевшие ей, умирают в страшных мучениях. Внезапно на горизонте появляется некий Кададж, что-то замышляющий против сирот и самого Клауда.