Добро пожаловать в Зебра-сити, бывший Токио, который преобразился под началом нового мэра Аихары Козоу. Он ввёл в городе «Время Зебры»: ежедневный пятиминутный период, когда вся незаконная активность разрешена, а Зебра-Полис может действовать, как ей вздумается. Тут в игру вступает Зембрамен, который потерял память, но не навыки. Ему предстоит объединиться с доктором Шинпей, чтобы спасти загадочную девочку из лап мэра, Королевы Зебры и их приспешников.