Исчезновение Харухи Судзумии

Спустя месяц после фестиваля культуры Харухи захотела организовать вечеринку по поводу приближающегося Рождества. Но вдруг что-то изменилось — Харухи пропала, и только Кен это понял. Вместе с исчезновением Харухи Нагато теперь не пришелица, Микуру стала обычной школьницей, а никакого загадочно переведённого ученика и вовсе не было. Единственной зацепкой стал небольшой кусочек тонкой цветной бумаги с написанными на нём желаниями, оставленный Нагато-пришелицей, где говорится о необходимости собрать «ключи» для запуска некой «программы».